Протестантизм в России получил начало почти одновременно с Западной Европой. Великим князем Василием были вызваны в 1524 ‑1533 с Запада ремесленники, художники, торговцы и аптекари. Около того же времени прибыли в Россию шведские купцы, получившие право торговли в России по договору 1524.
При Федоре Алексеевиче в русской армии 38 полков солдатских и 25 рейтарских имели командирами немцев. При царевне Софье в русскую службу были приняты эмигрировавшие из Франции гугеноты. К началу 18 в. всех протестантов было в Москве до 20 тыс., а во всей России до 30 тыс.
При Иване 1V были вызваны в Россию толмачи, лекари, хирурги, типографщики. Между всеми этими лицами было немало последователей учения Лютера, которым было предоставлено свободное отправление их богослужения. Одерборний рассказывает, что царю нравились проповеди пастора Бакгорна, что он смотрел на учение Лютера “как близкое к истине”, любил пасторов как людей ученых. Взятые в плен во время Ливонской войны (1558–82) немцы и шотландцы тысячами были расселены в разные города с правом свободного исповедания своей веры. В “Немецкой слободе” у них в 1560–65 была своя община, пастором которой был Виттерман, а между членами — лифляндские дворяне, состоявшие при особе царя. Другой пастор — Скультет проповедовал у протестантов Новгорода и Казани. В общем, во времена Грозного протестантам жилось в России лучше, чем в самой Германии, Великобритании, Франции и Швеции.
Сетуя на успехи протестантизма в России, беспристрастные историки не могут не отметить и умственно-образовательного воздействия на русское общество этой вековой борьбы православных с пропагандой протестантизма, проникновение, при ее содействии, протестантской науки в Россию и начатое при Петре I сближение русской богословской науки с западной. Указывают также на полезное воздействие протестантизма, в лице его лучших представителей, на нравственную сферу жизни русского общества и на церковно-практическую жизнь; многочисленные суждения, беспристрастные и пристрастные, о нравах русских людей и русских пастырей, обо всем церковно-обрядовом строе в России действовали исправительно на русских. Петр I, страстный поклонник европейской цивилизации, не чужд был некоторого сочувствия протестантизму. При нем все (четыре) протестантские кирхи в Москве были уже каменные; даже на заводах и фабриках в окрестностях в Туле, Новгороде, Казани и Астрахани, где прежде были только протестантские общины с проповедниками, но без кирх. Синод сделал постановление о том, чтобы не перекрещивать, а лишь миропомазывать протестантов при обращении их в православие.
«Каково бы ни было наше отношение к реформационной догматике и вообще к протестантизму, но нельзя отрицать, что реформация вызвала огромный религиозный подъем во всем западном мире… Новая личность европейского человека, в этом смысле, родилась в реформации (и это происхождение ее наложило на нее свой отпечаток), политическая свобода, свобода совести, права человека и гражданина были провозглашены также реформацией (в Англии); новейшими исследованиями выясняется также значение протестантизма … и для хозяйственного развития, при выработке индивидуальностей, пригодных стать руководителями развивавшегося народного хозяйства. В протестантизме же преимущественно развивалась и новейшая наука, и особенно философия. И все это развитие шло со строгой исторической преемственностью и постепенностью без трещин и обвалов»
Н. А. Бердяев
При царе Михаиле в Москве появляются храмы реформатские. Число протестантов в Москве год от года увеличивалось: к концу царствования Михаила их было там уже до 1000 семейств лютеран и реформаторов.
Протестантизм был особенно полезен православию своим влиянием на развитие образования: в протестантских школах Литвы получило научное образование большое число православных, из которых многие оказались превосходными православными богословами; западнорусская церковь (братства и отдельные лица) по образцу протестантских школ устраивала свои школы. В типографиях печаталась масса сочинений не только по богословию, но и по другим наукам; образовались ученые кружки, развившие необычайную литературную деятельность; во всем этом непосредственное содействие и руководство оказывали православным протестанты. Историки западной и южной Руси превозносят школы братьев, называвшиеся “гимназиями” или просто школами, но по научному уровню далеко превосходившие привилегированные католические академии и факультеты. Методы преподавания в этих реформатских школах были превосходны. Русские юноши, обучавшиеся сначала в католических школах, толпами переходили в школы реформатские, по образцу которых потом основывали свои русские. Усовершенствованные педагогические приемы (главным образом знаменитого протестантского педагога Яна Амоса Коменского) создали ряд самостоятельных ученых почти по всем отраслям знания, произведениями которых обильно пользовались русские богословы и проповедники, хотя иногда не без ущерба для чистоты учения. В нравственном отношении своим благочестием и строгостью жизни протестанты много способствовали очищению нравов между православными, особенно возвышению общественных добродетелей — человеколюбия, благотворительности, честности, трудолюбия.
При Федоре Ивановиче было много протестантов в его пятитысячном иностранном отряде. Царствование Бориса Годунова было самое благоприятное для протестантов. В “Белом городе” — Москве для них построена была кирха на средства, главным образом, самого царя, для которой проповедники были вызваны из Германии. В 1643 священники московские жаловались царю, что в их девяти приходах, близ церквей немцы завели корчмы … и от немцев их приходы пустеют.
При царе Алексее эмигрировало особенно много протестантов в Россию вследствие ужасов Тридцатилетней войны. В 1662 по ходатайству саксонского двора в Москве образовалась особая лютеранская община — саксонская, первым пастором которой был Иоганн Грегори, личность замечательная и выдающаяся; к нему в “театральную школу” для обучения отданы были 26 избранных русских юношей. В конце царствования Алексея Михайловича знатные и богатые немцы обитали снова в центре столицы. Шведам, после мира, позволено было строить свои дома в Москве, Новгороде, Пскове, Переяславле и Белгороде, где было дано право им править свою службу в своих жилицах, но особых храмовых зданий строить не дозволено. Все они были очень богаты и давали хорошее содержание пасторам.
Крупный факт в истории протестантизма в России составляет прибытие в Москву датского принца Христиана — Вальдемара в качестве жениха царевны Ирины Михайловны. Возник вопрос о необходимости обращения его в православие, что, ввиду несогласия на то принца, при сильном желании осуществления этого брака с обеих сторон, вызвало и многократные устные собеседования, и переписку датских богословов с патриархом, и обильную письменную полемику пастора Фильгобера с Наседкою, обнимающую почти все богословие, насколько оно в православии отличается от протестантизма.
Наплыв иностранцев и европейских идей при Петре не мог пройти бесследно для известного успеха протестантизма. В среде самой церкви оказались крупные деятели, не чуждые его влияния, даже в теоретическом богословии, как Феофан Прокопович. Стесняемая внутри России, в Москве, протестантская пропаганда с большей свободой действовала на северо-западной окраине. Особенные успехи она сделала в отошедших к Швеции по Столбовскому договору (1617) Ингрии и Карелии и нескольких русских городах, которые остались за шведами. В них прекратилось даже существование православной иерархии (карельской епархии). Не раньше как по Ништадтскому миру (1721) отпавшие паствы были возвращены православной церкви.